Після активації оновленого чіпа клонам промиватимуть мізки, щоб вони повірили, що джедаї були зрадниками Республіки, що змусить клонів стратити джедаїв. Тіран, який видавав себе за джедая, обманом змусив каміноанців повірити в наміри Сіфо Діаса.
Палпатін надіслав повідомлення через офіс канцлера всім командирам-клонам в армії. Коли Сідіус віддав наказ, чіпи негайно активувалися, а потім промили мізки клонів у вважаючи, що джедаї були зрадниками Республіки, яких потрібно було стратити.
На останніх етапах війни, як тільки лідер кіборгів генерал Грівус був знищений, канцлер Палпатін виконав наказ 66, яку солдати-клони були запрограмовані виконати без сумнівів. Вони звернулися проти своїх командирів-джедаїв, убивши більшість із них. Це ключовий момент у всесвіті Зоряних воєн.
Для цього були різні причини, які дуже коротко згадуються в пропозиціях розширеного всесвіту. Однією з причин є те клони були надто дорогими для виробництва та вирощування. Інше те, що спонукання громадян записуватися на боротьбу за Імперію зробило тих самих громадян та їхні родини більш лояльними до Імперії.
Айла Секура була серед багатьох джедаїв, які були зраджені своїми солдатами-клонами в результаті Наказу 66. Зберігаючи таємниці Порядку 66, Сідіус і Дуку продовжували реалізацію своїх планів під час Війн клонів.
У той час багато клонів не сприймали це так, оскільки чіп-інгібітор змусив їх знищити джедаїв. Однак «Зоряні війни» дали зрозуміти це, зосереджуючись на клонах після Наказу 66 вони повільно шкодували про свої вчинки після того, як їхні кошмари збулися.