Співавтор серіалу Бред Райт пояснив, що рішення скасувати Stargate Atlantis, коли до серіалу ще був великий інтерес, було щоб забезпечити успіх фільмів. Очікувалося, що в серії «Атлантида» з’явиться більше фільмів, якщо перший фільм матиме успіх.
21 серпня 2008 року було оголошено, що Stargate Atlantis не досягне 6 сезону. Удар було пом’якшено розмовами про двогодинний телевізійний фільм «Атлантида» на Sci-Fi Channel, щоб завершити сюжетну лінію, і оголошенням другого спін-оффу Stargate SG-1, Stargate Universe.
Отже StarGate Atlantis, на жаль, так і не повернувся. Крім того, SyFy втратили зв’язок із тим, ким вони були та ким були фанати. Отже, наукова фантастика не займає високе місце в великому списку способів вбити нашу базу шанувальників, показуючи, як мало вони їм подобаються.
12 травня 2011 Syfy опублікував лист, в якому пояснював причини скасування серіалу. У листі йшлося про те, що рейтинги першого сезону значно впали в п’ятничний часовий проміжок, впавши понад 25% глядачів протягом тривалої перерви між першою та другою половиною сезону..
Однак у 5 сезоні роль Теппінга в шоу була зведена до ролі «спеціально запрошеної зірки» з лише випадковими появами, оскільки вона вирішила зосередити свою увагу на розробці нової серії для Syfy під назвою Sanctuary.