Наукова методологія, що застосовується в цих університетах, став відомий як «схоластичний метод». Цей метод був раціональним, аргументованим і критичним, і меншою мірою – як це було поширено до того часу – медитативним і літературним характером.
Схоластика — це середньовічна філософія з сильним метафізичним характером, яка була розроблена як навчальний метод у міських школах в 11 столітті та отримала подальше поширення в 12 і 13 століттях в університетах. Це логічний спосіб мислення в контрастах, форма діалектики.
У свою чергу наводяться аргументи на користь прийнятої позиції, потім аргументи проти позиції, і, нарешті, аргументи проти спростовуються . Цей метод змушував вчених розглядати протилежні погляди та відстоювати власні аргументи проти них.
Схоластика, філософські системи та спекулятивні тенденції різних середньовічних християнських мислителів, які, працюючи на фоні фіксованих релігійних догм, намагалися вирішити загальні філософські проблеми (такі як віра та розум, воля та інтелект, реалізм та номіналізм, а також доказовість… .) розв’язувати знову.
Схоласти цікавилися багатьма аспектами природи і мали ідеї, які можна умовно назвати «наукою». Наукова революція замінив поклоніння Арістотелю та Біблії експериментами та міркуваннями про спостереження та експерименти .