Відмінними рисами агроекосистем порівняно з природними екосистемами є: невелике видове розмаїття, домінування видів культурних рослин або домашніх тварин, низька стійкість, нездатність до саморегуляції, неповний і незамкнутий кругообіг речовин, наявність додаткового джерела …
Характерна особливість агроекосистем – мала екологічна надійність, але висока врожайність одного (кількох) видів або сортів культивованих рослин чи тварин. Головна їхня відмінність від природних екосистем – спрощена структура і збіднений видовий склад.
Проте основне джерело енергії в агроценозах, як і в природних екосистемах, – це енергія Сонця.
1) У природній екосистемі велике видове різноманіття, а в агроекосистемі переважають рослини одного виду. 2) У природній екосистемі харчові ланцюги довші й розгалуженіші, ніж в агроекосистемі. 3) У природній екосистемі кругообіг речовин замкнутий, тоді як в агроекосистемі – незамкнутий.