Бюджетна установа відповідає за своїми зобов'язаннями лише обсягом коштів, що у його розпорядженні, а автономне -всім своїм майном, крім нерухомого, особливо цінного рухомого майна, закріпленого його чи придбаного рахунок коштів собственника.
Автономними установами – некомерційна організація, створена Російською Федерацією, суб'єктом Російської Федерації або муніципальною освітою для виконання робіт, надання послуг з метою здійснення передбачених законодавством Російської Федерації повноважень органів державної влади, повноважень.
Бюджетні і автономні установи – це некомерційні організації, призначення яких полягає у наданні послуг у галузі освіти, медицини, спорту, культури, зайнятості населення та інших.
Але головне відмінність полягає в тому що автономна установа – некомерційна організація, а унітарне підприємство – комерційна організація. Закон про автономних установах допускає створювати автономні установи не з нуля, а шляхом зміни типу існуючого державного чи муніципального установи.