Керівник оперативного штабу з управління контртерористичної операцією визначає межі зони проведення контртерористичної операції, приймає рішення про використання тих, хто залучається для проведення зазначеної операції сил та засобів.
посилення охорони громадського порядку, критичної інфраструктури та інших важливих об'єктів, зупинення небезпечних виробництв; обмеження продажу зброї, небезпечних речовин, наркотиків, ліків та алкоголю; призупинення приватної охоронної діяльності; карантин.
Рішення про проведення контртерористичної операції приймає директор ФСБ Росії чи начальник управління ФСБ Росії з суб'єкту Російської Федерації. Керує контртерористичної операцією особа, яка ухвалила рішення про її проведення, а проводить операцію Оперативний штаб.